Duplex Oligo(애닐서비스), 프리메이드, 플레이트 올리고, RAPD키트, 프라이머디자인)

안녕하세요 Oligo 부가서비스 5종에 대해 간단히 알아보겠습니다. 1. 듀플렉스 올리고(Annealing service) 듀플렉스 올리고 서비스는 단일 묶음 Oligo를 이중으로 만들어주는 서비스입니다.

A는 T와 G는 C와 각각 상보적 결합하게 되며 bluntend, stickyend, overhang 형태 모두 가능합니다.(단, 상보적 결합도 80%이상)

0.05umole, 0.2umole, 1.0umole 스케일 서비스 제공 자동 정량 분배 시스템(Liquid Handling System)을 통한 정확한 농도 제공

MOPCHPLCPAGE(Macrogen Oligonucleotide Purification Cartridge)-Standard Oligo와 일부 Modified Oligo 이용가능-모든 Standard Oligo 이용가능-Purity of ±85%(LC분석)-50mer이하 Oligo에 추천-모든 Oligo에 기본사양 무료제공-Pultiew 90%(Portience of 95%)

정제 법은 MOPC, HPLC, PAGE의 3가지 있습니다.-MOPC정제는 기본적으로 제공됩니다.(85%이상 순도)-HPLC정제는 90%이상의 순도를 갖고 50mer다음 Oligo에 적합한 정제 방법으로-PAGE정제는 95%이상의 순도를 갖고 50mer이상의 Oligo에 적합한 정제 방법입니다.(LC분석 기준)주문의 Oligo에 적합한 정제 법을 선택하세요.Modification Oligo와 일반 Oligo를 혼합하여 주문할 수 있지만 forward, reverse서열의 스케일 및 정제 법은 동일하지 않으면 안 됩니다.제공량은 mer수, 스케일, 정제 법 등에 의해서 다르기 때문에 정확한 제공량을 알고 싶은 경우는 부서로 연락 주십시오.(02-2180-7287,7017)3~130mer의 길이가 제공되며 MALDI-TOF QC는 6~89mer Oligo만 제공됩니다.dsDNA한벌당의 반응 비용은 20,000원입니다.( 들어 합성 비용 제외)Gene cloning와 Protein binding등에 사용할 수 있습니다.Annealing반응 이후 Gel QC를 진행하고 반응이 원활하게 일어났는지 확인합니다.

->forward서열 reverse서열, 그리고 반응을 진행한 후의 dsDNA서열을 polyacrylamide gel QC에서 확인합니다.band가 단일인지 smear 아닌가, duplex Oligo가 forward, reverse Oligo보다 분자량이 클지 등을 확인합니다.※주의 사항 동일 조건 Oligo대비 배송에 1영업일 추가로 걸립니다.TM값이 너무 낮거나(온도에 의한 민감도 ↓)self-dimer를 형성할 경우 반응이 일어나지 않는 것이 있습니다.2. PremadePremade서비스는 이미 만들어진 Oligo를 빨리 받을 수 있는 서비스입니다.모든 Oligo가 똑같이 5nmole이 제공되어 보다 많은 양이 필요한 경우는 개수를 추가하세요.PAGE정제의 95%이상 순도가 있습니다.(LC분석 기준)MALDI-TOF Q/C가 제공됩니다.Sequencing용 Primer70종, 미생물 동정용 Primer17종, RandomPrimer5종이 서비스 중입니다..–Sequencing용 Primer공통(70ea)프라이머 이름 a-FactorAD리버스 AOX1전송 AOX1 ReverseBGH-RBLuescript SKBluescript KSCMV-FCYC1 ReverseDsRed1-CDsRed1-NEBV-RPEGFP-NEGFP-CEGFP-CFEGFP-NRGAL1 ForwardGal4ADGL프라이머 1GLprimer2LCO1490HCO2198KAN2-FPKAN2-RPM13F-pUC(-40)M13R-pUC(-40)M13FM13RM13-FPMT전송 pGEX5pGEX3pMalEpQE-FpQE-RpBAD-FpBAD-FPPAD-RpTrc는 pJET1을 전송합니다. 2FpJET1.2RpEGFP-NpEGFP-FPEGFP-RPpFastBac Forward pFastBac ReversepBACPAC-RPPDON또는 FPPESP-RPPET-24apET-RPPREP-fwdpRH전송 pRH리버스 RV프라이머 3RV프라이머 4SP6SV40-pArevSV40-PromoterSTAG 18mer프라이머 QE프로모터 T3T7차단기 T7프로모터 T7 EEVT7U-19mer프라이머 35S-A35S-B프라이머 이름a-FactorAD リバースAOX1 転送AOX1 ReverseBGH-RBLuescript SKBluescript KSCMV-FCYC1 ReverseDsRed1-CDsRed1-NEBV-RPEGFP-NEGFP-CEGFP-CFEGFP-NRGAL1 ForwardGal4ADGL プライマー 1GLprimer2LCO1490HCO2198KAN2-FPKAN2-RPM13F-pUC(-40)M13R-pUC(-40)M13FM13RM13-FPMT 転送pGEX5pGEX3pMalEpQE-FpQE-RpBAD-FpBAD-FPPAD-RpTrc は pJET1 を転送します。2FpJET1。2RpEGFP-NpEGFP-FPEGFP-RPpFastBac Forward pFastBac Reversep BACPAC-RPPDON 또는 FPPESP-RPPET-24apET-RPPREP-fwdpRH 전송 PRH 리버스 RV 프라이머 3RV 프라이머 4SP6SV40-pArevSV40-Promoter STAG 18mer 프라이머 QE 프로모터 T3T7 터미네이터 T7U-19mer PRO모터 35S-A35미생물동정용 Primer(17ea) 프라이머명 337F27F785F800R907R1100R1492RNS1NS8LR0R7ITS1ITS2ITS3ITS518F미생물동정용 Primer(17ea) 프라이머명 337F27F785F800R907R1100R1492RNS1NS8LR0R7ITS1ITS2ITS3ITS518F오마카세 퍼스트 (5ea)☆☆☆☆☆☆☆☆★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★★각 primer의 서열은 https://dna.macrogen.com/pageLinkDnaSys.do?menuCd=SUP100300&layout=page_sub&link=%2Fsupport%2FretrieveGuideOligo로 확인할 수 있습니다.추가로 원하는 서열이 있다면 코멘트로 의견을 부탁합니다.20mer안팎의 길이를 갖고 Oligo당 가격은 50µ l20,000원, 100µ l30,000원입니다.※주의 사항:생산되는 Premade재고가 부족할 경우 추가 합성되고 1~2영업일이 추가로 들어가는 것이 있습니다.3. Plate OligoPlate Oligo서비스는 96개의 Oligo를 Deep Well형식으로 한꺼번에 받을 수 있는 서비스입니다.well별로 정렬되어 있으므로 샘플을 다루기도 쉬워서 필요한 실험별로 샘플을 일속에 분리하여 둘 수 있다는 장점이 있습니다.0.05umole, 0.2umole스케일 주문 가능 Purification은 MOPC뿐 선택 가능 자동 정량 분배 시스템(Liquid Handling System)에 따른 정확한 농도 제공량은 mer수, 스케일, 정제 방법 등에 의해서 다르기 때문에 정확한 제공량을 알고 싶은 경우는 부서로 연락 주십시오.(02-2180-7287,7017)3~130mer의 길이가 제공되며 MALDI-TOF QC는 6~89mer Oligo만 제공됩니다.가격은 0.05스케일은 500원/mer, 0.2스케일은 1,000원/mer입니다.QC보고서는 일반적인 Oligo와 유사한 형태로 제공되며 well마다 Oligoname, Sequence, 정제 법, Tm값, 농도 정보가 추가로 제공됩니다.※주의 사항:개별 주문은 불가능하며 96개를 채우고 주문을 넣어 주세요.4. RAPD kit RAPD(Random Amplied Polymorphic DNA)kit은 다양한 연구 목적에 적합한 20개의 개별 10mer Oligo가 들어 있는 kit입니다.이 서비스는 PCR을 통해서 증폭시키려는 부분의 서열이 확실히 알지 못할 때 임의의 DNA부분을 증폭하고 다른 개체의 유전적 표지 인자를 찾아 기법의 하나로 사용할 수 있습니다.일반적으로 9~11bp의 작은 primer를 이용하고 상보적 염기 배열을 가진 특정 게놈 부위를 증폭시키고 증폭된 염기 서열을 gel전기 영동으로 확인할 수 있습니다[Figure1] RAPD 1차 반응[Figure2] RAPD 2차 반응[Figure3] 전기 영동 결과[Figure1]처럼 RandomPrimer를 사용하여 PCR진행 이후 증폭 가부 확인[Figure2] 같은 다른 종류의 Template를[Figure1]에서 사용한 Primer에 증폭되고 2개의 Template의 PCRProduct를 Gel전기 영동을 통해서 비교[Figure3]에서 Band위치를 확인하고 2개의 Template간의 유전적 관련도가 높다는 의미)1kit당 20ea서비스입니다. https://dna.macrogen.com/pageLinkDnaSys.do?menuCd=SUP100300&layout=page_sub&link=%2Fsupport%2FretrieveGuideOligo.none)모든 Oligo가 똑같이 10nmole이 제공되어 보다 많은 양이 필요한 경우 개수를 추가하세요.(50µ L tube 2ea제공)PAGE정제의 95%이상 순도를 갖습니다.(LC분석 기준)MALDI-TOF Q/C가 제공됩니다.주문 후 즉시 발송됩니다만, 재고 부족시에는 2~3영업일이 추가로 들어가는 것이 있습니다.국내 가격은 1kit(=20ea)당 150,000원입니다.※주의 사항:서열의 수정 및 낱개로 팖 주문은 없어요.5.Primer design실험에 사용되는 Oligo중 PCR과 qPCR에 사용되는 primer의 서열을 design하는 서비스입니다.2개의 해외 제작 소프트웨어를 통해서 in silico design하고 최적의 서열을 제공합니다.Apricon Size는 증폭하려는 full sequence내의 서열장인(bp)Region은 그 서열의 시작 염기 위치입니다.Oligo합성 시에 제공했던 TM치와 다른 경우가 있습니다.결과 용지에 해당 서열이 합성 Oligo의 때 Tm값을 함께 제공하므로, 이 값을 참고하고 기존에 진행한 대로 실험에 적용하면 좋습니다.거시 아젠에서는 nearest neighbor method(NN method)기반의 계산식을 사용하고 있습니다.(http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html사이트 참조, 14mer다음의 경우 basic TM calculation method이용)필수 정보를 제외한 정보는 공난으로 해설 때에 최적인 값으로 software에서 자동 지정됩니다.다만, 필요에 따라서 작성할 때 몇가지 참고 사항이 있습니다.-Primerset의 annealing온도 조건은 Forward primer와 reverse primer의 길이 및 Tm값이 비슷할수록 좋습니다.-Probe의 Tm값은 forward와 reverse primer의 평균 Tm값보다 10℃ 정도 높이면 좋습니다.-Apricon size는 400bp를 넘지 않는 길이로 하는 것이 좋다, qPCR의 경우 증폭 산물을 얻는 것이 목적이 아니라 해당 위치만 효율적으로 증폭시키고 추적하는 것이 목적이므로 너무 길지 않도록 80-150bp정도로 하는 것이 좋습니다.-Tm값은 Annealing temperature를 지정하는 값으로, 45~60℃ 사이가 적당합니다.-GC contents는 높을 때 primer내에서 aggregation이 일어나거나 낮을 때 반응이 일어나지 않은 일이 있어 30~80%사이에 지정할 것을 추천합니다.primer의 길이는 25bp내에서 진행 가능합니다.mRNA full sequence는 4,000bp내에서 가능합니다.비용은 무료입니다.결과를 제공 기간은 기본적으로 1영업일이지만, 주문량에 따라서는 추가로 들어가는 경우가 있습니다.결과 값으로 제공되는 primer의 self dimer, cross dimer등 두차 구조가 형성되어 있는지 확인 가능하지만, 결과지에 제공되지 않습니다 문의 [email protected]까지 부탁합니다.※주의 사항:실제 실험에 적용한 경우 및 임의 서열 변경 시의 실험 결과는 책임을 지지 않습니다.Oligo주문과 관련이 없기 때문에 Oligo합성을 원하는 경우는 별도 주문하세요.지금까지의 내용을 표로 다음과 같이 정리했습니다.Duplex Oligo(Annealing service)Premade Plate Oligo RAPD kitPrimer design특성 Double strand DNA미리 제작된 Primer Deep well형태의 96ea Primer 10mer Primeset(20ea)mRNA의 Primer서열 디자인 제공 Sequence3~130mer 10mer 25mer내 가격20,000원(Oligo비용 제외)50µ l 20,500원, 000scaleing Primer미생물 동정용 Primer Random Primer일반 oligo와 동일 유전 지도 작성 DNA지문 채취 in silicoprimer design유의 사항1영업일 추가 소요 PAGE정제, 당일 배송, 지정된 Primer에만 가능MOPC정제만 가능, 개별 주문 불가 PAGE정제, Kit내 지정된 서열만 가능Oligo합성과 연계되지 않은Oligo 주문시 도움이 되었으면 좋겠습니다. 감사합니다。 그럼 지금 바로 마크로젠 올리고 주문하러 가볼까요? ↓↓↓Macrogen Online Sequencing Order System#마크로젠 #올리고 #Duplex Oligo #Annealing service #Premade #합성 #Synthesis #Plate Oligo #RAPD kit #Primer design